Ο Μιχάλης Κασσωτάκης σπούδασε Φιλολογία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και Επιστήμες της Αγωγής στο Πανεπιστήμιο της Σορβόννης, από το οποίο έλαβε και το διδακτορικό του δίπλωμα. Διετέλεσε Καθηγητής της Παιδαγωγικής στο Πανεπιστήμιο Κρήτης, Προεδρεύων του Τμήματος Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών και πρώτος εκλεγμένος Κοσμήτορας της Φιλοσοφικής Σχολής του ίδιου Πανεπιστημίου. Το 1990, εκλέχτηκε Καθηγητής της Παιδαγωγικής στο Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας (Φ.Π.Ψ.) του Πανεπιστημίου Αθηνών, όπου δίδαξε μέχρι τη συνταξιοδότησή του. Το 2013, αναγορεύτηκε Ομότιμος Καθηγητής του Πανεπιστημίου Αθηνών.Χρημάτισε, ακόμη, Αντιπρόεδρος και Πρόεδρος του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου, Πρόεδρος του Κέντρου Εκπαιδευτικής Έρευνας, μέλος των Επιτροπών Παιδείας του Συμβουλίου της Ευρώπης και του Ο.Ο.Σ.Α., Πρόεδρος και μέλος διαφόρων ομάδων εργασίας του Υπουργείου Παιδείας της Ελλάδας και συνεργάτης του Εθνικού Ινστιτούτου Εκπαιδευτικής Έρευνας της Γαλλίας. Πρωταγωνίστησε στην ίδρυση της Παιδαγωγικής Εταιρείας Ελλάδος και της Ελληνικής Εταιρείας Εκπαιδευτικής Αξιολόγησης, της οποίας ήταν μέχρι πρόσφατα Πρόεδρος. Είναι εταίρος της Ευρωπαϊκής Ακαδημίας Γραμμάτων, Τεχνών και Επιστημών και μέλος πολλών επιστημονικών εταιρειών. Έχει επανειλημμένα τιμηθεί με διάφορες διακρίσεις τόσο στην Ελλάδα όσο και στο εξωτερικό για το επιστημονικό του έργο και ιδιαίτερα γι’ αυτό που αφορά την Εκπαιδευτική Αξιολόγηση και την Επαγγελματική Συμβουλευτική. Αναγνωρίζοντας την προσφορά του, το Τμήμα Φ.Π.Ψ. του Πανεπιστημίου Αθηνών έδωσε το όνομά του στο Εργαστήριο Επαγγελματικού Προσανατολισμού και Συμβουλευτικής.
Ο Μιχάλης Κασσωτάκης έχει δημοσιεύσει μόνος του ή μαζί με άλλους 30 βιβλία (περιλαμβάνονται και οι επιμέλειες επιστημονικών συγγραμμάτων) και περισσότερα από 150 άρθρα σε έγκυρα επιστημονικά περιοδικά και κεφάλαια σε συλλογικά έργα, τα οποία αναφέρονται σε θέματα Εκπαιδευτικής Αξιολόγησης, Επαγγελματικής Συμβουλευτικής, μόρφωσης και επιμόρφωσης των εκπαιδευτικών, μάθησης και διδασκαλίας, καθώς και σε διάφορες πτυχές του ελληνικού εκπαιδευτικού συστήματος. Έχει, ακόμη, συγγράψει διάφορα βιβλία και πολλές μελέτες γλωσσολογικού, ιστορικού και λαογραφικού περιεχομένου που αφορούν τη γενέτειρά του, το Οροπέδιο Λασιθίου Κρήτης.
